Après une scolarité dans l'enseignement public, Mgr Éric Aumônier poursuit ses études secondaires au collège Saint- Jean-de-Passy à Paris. Après une année de Lettres supérieures à Janson de Sailly, il est envoyé au séminaire français de Rome (1964-1974) où il obtient la licence en philosophie scolastique et le doctorat en théologie à l'Université grégorienne.

Ordonné prêtre le 2 juillet 1971 pour le diocèse de Paris, il est vicaire à la paroisse Saint-Ferdinand-des-Ternes de 1974 à 1977 et aumônier du lycée Carnot (1976-1977). Professeur de théologie et directeur spirituel au séminaire de Saint-Sulpice à Issy-les-Moulineaux de 1977 à 1984, il est également délégué diocésain pour les séminaristes de Paris (1981-1984). II devient supérieur de la Maison Saint-Augustin à Paris dès sa fondation en 1984, puis supérieur du séminaire diocésain de Paris de 1990 à 1996, période pendant laquelle il contribue à la mise en place de l'Ecole cathédrale et en particulier de la « formation des responsables ». Nommé évêque auxiliaire de Paris le 12 juillet 1996, il est ordonné évêque le 11 octobre 1996 à Notre-Dame de Paris, en charge de la catéchèse et de l'apostolat des jeunes : mission étudiante à Paris, aumônerie de l'Enseignement public et de l'Enseignement catholique. Il est chargé, comme vicaire général, de la Vie consacrée, des relations œcuméniques et des relations avec le Judaïsme. Mgr Eric Aumônier est membre de la Commission épiscopale Education, vie et foi des jeunes et membre du Comité épiscopal du monde scolaire et universitaire. A ce titre, il accompagne la Mission étudiante au niveau national depuis 1997.

Evêque de Versailles depuis le 25 février 2001, Mgr Aumônier est membre du Conseil pour la pastorale des enfants et des jeunes de la Conférence des Evêques de France.